De acuerdo con datos históricos, el templo fue construido en 1654 por indígenas que utilizaron recursos recaudados por  españoles que se asentaron en el pueblo.
“La iglesia es considerada un lugar de encanto gracias a sus deslumbrantes piezas arquitectónicas  que datan de la época prehispánica”, señaló Renato Vargas Valdez, quien por varios años ha estudiado la historia del templo.
Según Vargas, los españoles no escatimaron esfuerzos para colocar piezas de gran tamaño  en la construcción, así como los cuadros que hoy en día se exhiben en su interior.
Añadió que la imagen del patrono del municipio, San Cristóbal, fue traída de España en un barco, la cual tardó cuatro años en llegar al recinto religioso desde el momento en que se  hizo la solicitud a la reina de ese país.
En la fachada de la iglesia, a tres metros de altura, se ubica la imagen de un Dios Sol con el rostro de la reina maya Ixquic, hija de Cuchumaquic, uno de los señores de Xibalbá, según Vargas Valdez.

Además, en la entrada principal se aprecian jeroglíficos, que representan a Tepeu Cucumatz, la serpiente emplumada, cuyo nombre se deriva de nahual Quetzalcoatl Tohil.
El sacerdote José Benedicto Moscoso Miranda, quien desde el 2015 reside en el lugar, indicó que personal del Instituto Nacional de Antropología e Historia trabaja en la restauración de los 11 altares y la escalinata del templo.
Peligro
Moscoso Miranda señaló que se encuentra preocupado ante el inminente peligro que corre la iglesia por el  socavamiento de tierra que el río Motagua ha ocasionado, ya que este se encuentra a  95 metros del recinto religioso, por lo  que espera que las autoridades  competentes  le pongan atención al problema y se  proteja  una de las  joyas  arquitectónicas  más importantes del pueblo.
En San Cristóbal  Acasaguastlán, un alto porcentaje  de población es católica, lo que le da mayor importancia a la iglesia.