Algunas fueron cuestionadas por malos procedimientos efectuados en el Sistema Penitenciario o incluso llegaron a reconocer la incapacidad que existe para contralar las cárceles.
 
Una de las directoras, Patricia Guillermo de Chea,  el 26 de abril del 2005, afirmó en el Congreso que se necesitaba de nuevas leyes para poder regular los excesos que se dan en las cárceles.
 
Para el 31 de agosto del 2004, los reos de la Granja Penal elegirían a quienes ejercería el comité de orden y disciplina a cargo de los reos. Días antes, el 16 de agosto del 2004, Guillermo de Chea justificó que los reos tenían permitido desde hacía más de 30 años la asociación y el derecho de elegir, lo cual no era fácil de modificar.
 
Cuando Irma Arriaza era directora, el 5 de febrero de 2003, se publicó que había una cárcel exclusiva para cuatro militares. Esta era la cárcel de máxima seguridad El Boquerón, en Cuilapa, Santa Rosa, la cual ocupaban cuatro militares, tres del caso Mack, y Byron Lima Oliva, condenado por el asesinato de monseñor Juan Gerardi.
 
Arriaza  confirmó que sólo se encontraban esos cuatro militares en esa prisión y aclaró que de ninguna forma se tomó la decisión de trasladarlos a ese lugar como un privilegio, sino, más bien, era una manera de ejercer mayor control sobre ellos.
 
El 11 de enero del 2003, Prensa Libre publicó que faltaban 44 reclusos en Pavocinto. La autoridades de Gobernación, incluida Arriaza, no confirmaban el número exacto de internos después del sangriento motín del 23 y 24 de diciembre del 2002, que dejó 14 muertos.
 
Cuando Sandra Zayas ocupaba la dirección de Presidios, en octubre del 2005, las autoridades habían recibido alertadas de fugas de El Infiernito a través de cartas, días antes de que 19 reos de alta peligrosidad se evadieran.
 
El 27 de octubre del 2005, Zayas reconoció que el Sistema Penitenciario no tenía la posibilidad de dar seguridad perimetral en todos los centros de detención.
 
En el 1993 fungió como directora, Ana María Orozco Olivet, en febrero de ese año se enfrentó a un brote de caso de Sida en la Granja Penal de Cantel, en Quetzaltenango, así como a la falta de agua potable, mal estado de instalaciones y un escaso presupuesto.
 
El 19 de abril de 1993 el congresista Mario Mazariegos de León acusaba a Orozco Olivet por no atender dos citaciones para concurrir al Congreso a aclarar denuncias de corrupción que han hecho los reclusos de Pavoncito.
 
El 16 de mayo del mismo año Orozco Olivet debía rendir un informe oficial al Juzgado Sexto de Instrucción Penal con relación a violentos sucesos ocurridos en Pavoncito unos días antes y con la muerte no aclarada de varios reclusos.