Ambas instituciones eran dirigidas por la misma persona bajo la figura de Procurador General de la Nación y Fiscal General de la República. Esto cambió en el año de 1994 cuando por medio de una Consulta Popular se decidió reformar la Constitución Política de la República. La población dió su aprobación a las reformas las cuales fueron aprobadas por el Congreso. 

El primer procurador en esta nueva etapa de la PGN fue el licenciado Acisclo Valladares Molina, aunque había ejercido años atrás la dirección tanto de la PGN como del MP. Valladares Molina fue juramentado por el presidente de la República Ramiro de León Carpio el 7 de mayo de 1994. 

Base legal y funciones

El artículo 12 del referido decreto señala que la PGN tendrá a su cargo la personería de la Nación. Es decir que debe representar y defender los derechos de la Nación en todos los juicios, de acuerdo con instrucciones del Ejecutivo, y debe intervenir, si se lo ordenan, en negocios que interesen al país.

La institución tiene varias funciones, muchas de ellas desconocidas para la mayoría de ciudadanos. Según su página web son las siguientes: 

• Representar y defender los intereses del Estado de Guatemala en todos los juicios a nivel nacional e internacional en que fuere parte y promueve la oportuna ejecución de las sentencias que se dicten en ellos;
• Intervenir, si así lo dispusiere el Ejecutivo y conforme a las instrucciones de éste en los negocios en que estuviere interesado el Estado, para formalizar los actos y suscribir los contratos que sean necesarios a tal fin y cumplir los deberes que en relación con esta materia, señalen otras leyes a la Procuraduría General de la Nación;
• Analizar los expedientes y emitir opiniones o providencias en los asuntos de jurisdicción voluntaria judicial, extrajudicial y administrativa, en los cuales por mandato legal se tiene la obligación de conceder audiencia.
• La función de asesoría y consultoría de los órganos y entidades estatales;
• La representación de los ausentes, menores e incapaces, mientras éstos no tengan personero legítimo conforme al Código Civil y demás leyes;
• La Planificación y seguimiento a las acciones de búsqueda, localización, resguardo y seguimiento del niño, niña o adolescente desaparecido o sustraído;
• Integrar comisiones interinstitucionales;
• Intervenir ante los Tribunales de Justicia en todos aquellos asuntos en que esté llamado a hacerlo por ministerio de la ley.

Una de las deficiencias que tiene esta institución es la de carecer de una ley orgánica, a pesar de que la Constitución vigente demanda la aprobación de su normativa. 

Según fuentes del Congreso de la República en 1996 se presentó una iniciativa de ley, la cual no tuvo la atención suficiente. En el año 2000 se presentó también una iniciativa sin obtener un dictamen favorable, desde entonces no se ha presentado por parte del Ejecutivo una propuesta concreta para aprobar la normativa de la PGN.

Actualidad

A raíz del usufructo del Puerto Quetzal y en el que están involucrados varios funcionarios del anterior gobierno, entre ellos el binomio presidencial conformado por Otto Pérez Molina y Roxana Baldetti, quienes presuntamente recibieron sobornos por la concesión, se cuestionó la falta de acción por parte de la PGN al haber convalidado el contrato de usufructo oneroso entre la Empresa Portuaria Quetzal y la Terminal de Contenedores Quetzal. Por el caso se espera en los próximos días se denuncie formalmente a los anteriores ex procuradores Larry Robles y Vladimir Aguilar. 

El caso ha tenido un alto impacto al punto en que la titular de la PGN, Maria Eugenia Villagrán, nombrada por Otto Pérez Molina en el cargo en 2014, renunció al haber recibido amenazas derivadas de los casos que están siendo investigados en la institución. Su lugar será ocupado interinamente por el director de la Institución hasta que el Presidente de la República designe a un nuevo procurador.