Las gestiones para su creación venían desde 1548, cuando el Obispo Francisco Marroquín escribió a España para solicitar ‘…que se asiente un estudio a manera de Universidad en esta ciudad de Santiago de Guatemala, que es la más a propósito de todas estas Provincias, mayor y más abundante y de mejor temple para el estudio’.

Según la Historia General de Guatemala: “La real cédula de fundación de la universidad contiene un extenso relato de las gestiones efectuadas durante más de un siglo para lograr que Guatemala tuviera un centro tal. Menciona asimismo las rentas y otros bienes legados por Marroquín y los otros benefactores. La real cédula la denominó universidad, para indicar su naturaleza universal y no partidista respecto de doctrina o escuela algunas. Se llamó de San Carlos, en ‘…atención y buena memoria de haberse creado por mí, Carlos II’. No era solamente para beneficio de hijos de conquistadores y criollos sino, refiriéndose a Guatemala, ‘…para alivio y consuelo de los vecinos y naturales de ella’.

Las Constituciones de la Universidad fueron elaboradas por el Oidor Francisco de Sarassa y Arce en 1681, pero tardaron casi cinco años en ser aprobadas por el Consejo de Indias. Dos eran las autoridades máximas de la universidad: el Rector, para el gobierno y administración, y el Cancelario o Maestre-Escuela, para todo lo que fuera supervisar la función académica (provisión de cátedras, oposiciones, graduaciones).

b cuando le fue conferido el rango de ‘pontificia‘, es decir, la potestad de enseñar las diversas expresiones del pensamiento católico. También le confirmaron todos los derechos que tenían las universidades de México y de Lima y a sus graduados el derecho de incorporarse a cualquier universidad del mundo y gozar plenamente de los fueros universitarios. Desde el 18 de junio de 1687, según la bula Ex-Suprema, el título completo de la entidad fue el de ‘Real y Pontificia Universidad de San Carlos’.

Este edificio tiene un patio central y cuatro corredores, alrededor de los cuales se construyeron las aulas.Tras el abandono de la ciudad. El primer edificio fue destruido por los terremotos de 1751. En 1758 fue construido el actual, bajo la dirección del arquitecto Luis Diez de Navarro. El terremoto de 1773 dañó tan solo parte de la estrcutura, por lo que la Universidad siguió funcionando allí hasta 1777. Cuando se empezó a repoblar la ciudad, el edificio fue usado como templo parroquial (pues la Catedral había sido destruida), colegio y biblioteca. En el siglo XIX su entrada fue cambiada para ser Academia de Estudios. En 1936 se funda El Museo de Arte Colonial, para exhibición de piezas de pintura y escultura.