Con el club catalán, además, logró ganar la competición en dos de las cuatro temporadas que estuvo en su banquillo. Con el Bayern, en sus dos primeras temporadas, las semifinales han sido la estación final para Guardiola en la competición.

En la temporada 2013/2014 -tras asumir el equipo que había ganado el triple dirigido por Jupp Heynckes- Guardiola vio como su equipo caía eliminado a manos del Real Madrid.

En la ida en el estadio Santiago Bernabeu el Bayern perdió por 1-0, lo que dejaba abierta la eliminatoria, pero en la vuelta sufrió una desastrosa goleada por 0-4.

Guardiola fue muy criticado por aquel partido y posteriormente admitió que aquellas opiniones tenían plena razón pues él se había equivocado en el planteamiento.

En la temporada 2014/2015 el verdugo del Bayern de Guardiola en semifinales fue el Barcelona que se impuso en el Camp Nouo por 3-0.

El Bayern logró ganar entonces por 3-2 el partido de vuelta en la Allianz Arena pero no consiguió remontar la eliminatoria.
Una de las críticas que se le han hecho a Guardiola desde su llegada al Bayern es que el equipo llega sin reservas a la primavera y, con ello, a la disputa de las semifinales.