El técnico uruguayo sustituye al italiano Claudio Ranieri, que fue destituido el pasado noviembre.
La selección griega tiene un programa muy difícil en los próximos meses tras cosechar malos resultados el pasado otoño, que condujeron al despido de Ranieri.
Grecia está en el último puesto de su grupo tras disputar cuatro partidos, con tan solo un punto, lo que hace muy difícil su clasificación para la final de la Eurocopa 2016.
El próximo partido es contra Hungría el 29 de marzo, un partido que los griegos deben ganar a toda costa para mantener la esperanza en la clasificación.
Markarián, de 70 años, ya trabajó con éxito en Grecia en varios equipos a finales de los años noventa.
Su periodo más exitoso fue la temporada 2002-2003, cuando condujo al Panathinaikós a los cuartos de final de la Copa UEFA, donde fue eliminado por el Porto de José Mourinho.
Markarián tiene además experiencia como entrenador de varias selecciones, pues ha sido entrenador del conjunto nacional de Paraguay en los temporadas de 1992-1993 y 1999-2002 y de Perú de 2010-2013.