La administración de Marroquín Castillo como interventor de la Portuaria dejó una huella de posibles actos de corrupción durante el Gobierno del Partido Patriota, que sindicalistas denunciaron el 3 de abril de 2013, por considerar que no tenía facultades para enajenar bienes del Estado, como el usufructo por 25 años a la empresa de capital español Terminal de Contenedores Quetzal (TCQ).
 
Fue el expresidente Otto Pérez Molina quien lo nombro en enero de 2012, como el nuevo interventor de la EPQ.
 
En el 2014, la exesposa de Marroquín Castillo, Grethel Campollo lo denunció por violencia intrafamiliar; el problema conyugal involucró al guardaespaldas de Campollo, Leopoldo Yujá, quien fue detenido en un operativo de la Policía Nacional Civil, un juez resolvió que los policías implantaron droga al detenido para sindicarlo de narco.
 
El 19 junio de 2014, Allan Marroquín, presentó su renuncia al cargo de interventor, manifestó motivos personales.
 
Con una denuncia por sustraer a sus hijos del país sin el consentimiento de Campollo, y bajo la sospecha de las autoridades de un proceso irregular en el usufructo de TCQ, el poderoso interventor de la EPQ y hombre de confianza del expresidente, Otto Pérez Molina, desapareció de la atención mediática.

Pomposa boda

Marroquín Castillo, apareció en el año 2015, en su boda que llevó a cabo en Playa del Carmen, Quintana Roo, México, la unión con fue Andrea por la religión judía.
 
El video deja al decubierto que Allan Marroquín en México llevó a cabo la boda de sus sueños, alejado de las miradas de sus detractores en Guatemala, el audiovisual muetra que el exinterventor de la EPQ no dejó escapar ningún detalle para esa actividad.