Algunos de sus fallos polémicos los enumerados a continuación:

Falló favoreció a Torres

En el 2013, anuló las actuaciones del proceso abierto contra Sandra Torres Casanova, exesposa del expresidente Álvaro Colom, quien fue denunciada por la entonces diputada Roxana Baldetti y ex vicepresidenta de la República por varios delitos, por supuestas acciones de corrupción en el manejo de los fondos de programas sociales del gobierno de la Unidad Nacional de la Esperanza.
 
El juez Carlos Aguilar Revolorio resolvió que la Corte de Constitucionalidad confirmó el cambio del juzgado encargado de tramitar el expediente del caso.
 
De esa cuenta, el proceso regresó a su fase del 13 de abril del 2012. Ese día Reinoso Trujillo citó a Torres Casanova a declarar por la posibilidad de haber incurrido en delitos de conspiración, abuso de autoridad y malversación de fondos públicos.

Torres intentó separar a Reinoso Trujillo del caso y presentó una recusación en su contra. La jueza rechazó la acción y continuó conociendo. Al final de la audiencia ordenó el arraigo de Torres Casanova y siete empleados de la Secretaría de Bienestar Social.

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Cambió delitos

En agosto de 2013, el Ministerio Público (MP) presentó una demanda en la Junta de Disciplina contra ella porque dudó de su imparcialidad en un proceso contra dos sujetos a quienes les cambió el delito de homicidio por el de encubrimiento propio. La denuncia contra la juzgadora se originó luego de una resolución que benefició a Edwar Napoleón Morales Guillén y Héctor Rodolfo Estrada Carrera, presuntos responsables de haber matado a balazos a Cristiofan Jonatan Martínez.

El hecho ocurrió en una venta de licores, ubicada en la 46 calle y avenida Petapa, zona 12, el 6 de abril del 2013.
 
El MP logró la captura de Morales Guillén, la cual se giró por el delito de homicidio.

La Sirenita

En el 2014, la Cámara de Amparos y Antejuicios de la Corte Suprema de Justicia rechazó retirarle el derecho de antejuicio a Reinoso, señalada por la Comisión Internacional contra la Impunidad en Guatemala (Cicig) de haber emitido una resolución contraria a la ley cuando otorgó libertad condicional a Ana Sofía Castañeda Deras, alias la Sirenita, procesada por lavado de dinero y otros activos.
 
La resolución de la Cámara indica que la entidad internacional no demostró con su solicitud más que su inconformidad por la resolución emitida en favor de Castañeda Deras, pues no fundamentó de manera adecuada la razón por la cual se consideraba ilegal el veredicto de Reinoso.

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 Fallo beneficio a narcos

En otro caso, la jueza decidió? que el mexicano, Javier Orta Rodríguez, alias el Vaquero, detenido en enero de 2012, en la zona 10 capitalina por transportar US$590 mil, supuestamente del narcotráfico, debía ser procesado por encubrimiento propio y no por lavado de dinero.
 
En el proceso Reinoso cambió la privación de libertad contra seis personas quienes fueron detenidas junto al mexicano por una multa de Q5 mil y la obligación de firmar el libro de medidas sustitutivas cada 30 días. Reinoso argumento? que la Fiscalía no demostró? que los US$590 mil eran producto de un acto ilícito.
 
Los implicados firmaron el libro de actas en dos oportunidades, luego desaparecieron, según el Ministerio Público, el grupo tenía nexos con el cártel de Sinaloa.
 
Al conocer del caso, la jueza declaro? en rebeldía a los sindicados y les dicto? el arresto por lavado de dinero. Su resolución fue contradictoria porque en enero de ese año considero? que no debían ser perseguidos por lavado de dinero, sino por encubrimiento.

• El Ministerio Público  sostiene que como juzgadora y docente universitaria Jisela Reinoso recibía sueldos por Q18 mil.
• La Fiscalía y la CICIG establecieron que hacía pagos mensuales hasta por Q40 mil, lo que no coincidía con sus ingresos.
• La investigación llegó a la conclusión de que recibía dinero sospechoso mediante depósitos monetarios y cheques.
• También que la compañía Seregua le hizo depósitos en sus cuentas personales, aunque ella adujo que se trató de préstamos.
• Se descubrió que la jueza tramitó un proceso que implicaba a dicha empresa.