El sitio estuvo habitado durante mil años, en los cuales vivió tiempos de gloria y derrota.

Es el mayor centro urbano sobre el Usumacinta y su arquitectura es considerada entre las más hermosas, pues aunque no tiene edificios tan grandes como Tikal o El Mirador, tiene ricos detalles de diseño

El nombre Piedras Negras se le asignó por el predominio de este material en el lugar, aunque en maya se llama Yo’ki’b, que significa agujero, probablemente por que al sur de la ciudad hay un cenote -depresión con un estanque natural- con un diámetro cercano a los cien metros y que era considerado como una puerta al inframundo.

Hallazgo

Uno de los primeros investigadores en llegar al sitio fue Teobert Maler, quien hizo un viaje por el área maya en 1895, que lo llevó a varios lugares, entre ellos Piedras Negras, donde tomó las primeras fotografías de las esculturas.

El Museo Peabody de Arqueología de Arqueología y Etnología le propuso explorar la selva Lacandona. Maler aceptó y partió en 1898. Más adelante se trasladó a Yucatán, pasó cuatro meses en Piedras Negras y tres meses en Yaxchilán.

Vecinos conflictivos

La historia política de Piedras Negras está marcado por una rivalidad continua con Yaxchilán y oacsional con La Mar, Palenque, Hix Witz, Sak T’z’i, Wa-Pájaro y Pomoná, con alianzas con Calakmul, El Cayo, Lacanhá, Bonampak y el Naranjo-Florida.

La decadencia de Piedras Negras se produjo cuando Yaxchilán cobró auge a mediados del siglo VII. El último rey de fue capturado por la ciudad vecina. El trono del gobernante 7 se encontró en pedazos, destuido por los invasores. El abandono del sitio se da a inicios del siglo IX.