A mediados de 1871, en compañía de Miguel García Granados y otros generales disidentes, organizaron un movimiento para derrocar al gobierno conservador del mariscal Vicente Cerna.

El 30 de junio de 1871, las fuerzas liberales llegaron a la ciudad de Guatemala, donde asumió la presidencia de forma provisional Miguel García Granados.

En 1873, Justo Rufino Barrios llega al poder en sucesión de García Granados. Su gobierno puso en marcha la llamada Reforma Liberal, la cual decretaba la libertad de prensa y culto, así como la supresión de los diezmos y de las órdenes religiosas, expulsando a los jesuitas e impulsando la educación laica.

Fue electo nuevamente presidente en 1879 durante su segundo periodo ejerció un gobierno personal y autoritario. Su gran ambición fue integrar a los cinco estados independientes de Centroamérica, declaró tal federación por su cuenta y se dispuso a sostenerla con las armas.

Justo Rufino Barrios murió durante la famosa batalla de Chalchuapa, en El Salvador, junto a su hijo, el también general Venancio Barrios, el 2 de abril de 1885. La versión oficial de los liberales, relata que Barrios murió durante la batalla. Sin embargo, existen versiones en las se narra que fue un soldado guatemalteco quien le disparó por error.

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La casa y enseres de Justo Rufino Barrios, en San Lorenzo, San Marcos (Video: Youtube)