En 1838, la continuidad de la Federación se veía imposibilitada por las guerras, las pugnas entre liberales y conservadores y las separaciones declaradas de los Estados. El 2 de febrero, una facción liberal proclamó la creación del efímero Estado de los Altos, con capital en Quetzaltenango, en rechazo al gobierno conservador del Estado de Guatemala y para debilitarlo.

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Surge la Federación Centroamericana en 1823

Nicaragua decretó su separación el 30 de abril, y en mayo la Asamblea Legislativa en El Salvador estableció que los países eran libres, soberanos e independientes. En julio no volvió a sesionar más. Honduras, por su parte, se separó el 5 de noviembre y Costa Rica lo hizo el 14 de ese mes. El Estado de Guatemala se separó el 17 de abril de 1839​ y el 26 de febrero de 1840 el gobierno guatemalteco acordó la reincorporación de Los Altos, concretada por operación militar del general Rafael Carrera, conservador, héroe o villano, según la historiografía conservadora liberal. La misma ambivalencia se aplica en sendos enfoques históricos para el general hondureño Francisco Morazán, liberal, quien libró varias batallas para intentar someter por la fuerza a los separatistas.

Morazán fue jefe de Estado de Honduras desde 1827 y por sus victorias militares se erigió en líder de los liberales . Cuando el presidente salvadoreño Mariano Prado le pidió ayuda por un ataque de Guatemala, Morazán tomó San Salvador (1828). En Guatemala, capital federal, gobernaban los conservadores.

Morazán reunió una robusta fuerza militar e invadió Guatemala (1829) por varios flancos. Esa primera invasión conllevó saqueos a templos, incluyendo la Catedral, así como a casas de líderes conservadores.

Las elecciones de 1830 confirmaron a Morazán como presidente de la República Centroamericana, con lo que emprendió la restauración de varias medidas tendientes a fortalecer el modelo federal, pero el principal obstáculo fue la imposibilidad de alcanzar acuerdos entre los Estados y los partidos. Combatía los intentos de rebelión en todo el territorio. En 1834 fue reelecto.

En Guatemala asumió en 1831 como jefe de Estado el liberal Mariano Gálvez, quien enfrentó similares dificultades. Cuando se desató el movimiento de los montañeses, liderados por Rafael Carrera, Gálvez le pidió ayuda a Morazán, pero este tardó en reaccionar. Cuando por fin lo hizo era tarde, Carrera ya había triunfado y reinstaurado a los conservadores.

En 1840, como jefe de Estado de El Salvador, Morazán marchó contra Guatemala nuevamente e intentó repetir la toma de 1829. Carrera le hizo creer que había poca resistencia y escondió a la tropa en barrancos como El Incienso o Las Vacas. Morazán llegó fácilmente, con algunas escaramuzas, hasta la Plaza Central, y allí fue atacado con fuerza por el ejército de Carrera. La derrota fue aplastante.

Morazán tuvo que huir disfrazado de soldado conservador. Se iría al exilio en Perú y después intentó retomar el poder, de facto, en Costa Rica, en donde fue capturado y fusilado sin proceso, en 1842.

Con información de Historia General de Guatemala, Carrera y la Creación de la República, de Ralph Lee Woodward. Archivos de Rafael Carrera, Universidad Francisco Marroquín.

 Gobernó 9 años la federación

José Francisco Morazán Quesada (Tegucigalpa, 1792) fue político y militar, segundo presidente de la Federación Centroamericana. Logró ser electo presidente en 1830 e intentó restaurar la Unión a través de reformas legales, económicas y también por la vía militar. Logró cierta hegemonía hasta que fue derrotado en una batalla en Guatemala, en 1840. Marchó al exilio. Intentó regresar. Tomó el poder en Costa Rica, donde fue capturado y fusilado en 1842.