El Juez de Primera Instancia Penal de esa cabecera los ligó a proceso sindicados de reuniones y manifestaciones ilícitas, asociaciones ilícitas e instigación a delinquir; Además, a Morales Calgua se le atribuye robo agravado, razón por la que fue enviado a prisión preventiva.

En la madrugada del 3 de septiembre del 2013, un grupo de pobladores opositores a la administración del alcalde de Chichicastenango, Sebastián Xon Cortez,  ingresó a la comuna y se presume que sustrajeron cinco armas de fuego que eran utilizadas por agentes de la Policía Municipal. 

El alcalde, Sebastián Xon, informó que la turba presuntamente fue liderada por Tomás Morales Calgua.

Morales también es sindicado de liderar los disturbios ocurridos el 16 del enero del año pasado, cuando fue saqueada la Municipalidad y quemadas las viviendas de algunos miembros del Concejo.

“Los desconocidos ingresaron ilegalmente al despacho del alcalde, a la tesorería municipal, al Juzgado de Asuntos Municipales y a la Oficina Municipal de la Mujer”, dijo el alcalde.

Tomás Morales Calgua, líder opositor en Chichicastenango, aceptó que con sus allegados irrumpieron en la Municipalidad para presionar al alcalde Xon Cortez a renunciar, pues lo consideran corrupto.

El pasado 26 de junio, Tomás Morales Calgua, Domingo González Tecum, Francisco Buchán Chan, Tomás Yacón Tebelán, Tomás Guarcas Pérez, Zoila Perebal Mateo y María Lares Morales, fueron enviados a juicio, acusados de robo en forma continuada e incendio agravado en forma continuada, por los disturbios de enero del 2013.