En 1767, el Rey Carlos III ordenó la expulsión de los frailes jesuitas de Hispanoamérica y con ellos se marchó Landívar, quien falleció en el exilio.
El conjunto sufrió severos daños con el terremoto de 1773 y por mucho tiempo permaneció prácticamente abandonado.
En 1997 se comenzaron los trabajos de restauración patrocinados por la Cooperación Española, que actualmente tiene aquí su sede y Centro de Formación, por lo cual el edificio mantiene en buena parte su finalidad educativa. Sus sólidas columnas y corredores con piso de barro son un pasaje hacia el esplendor de la cultura colonial.
