Rogers se escapó en el descenso del último puerto, a 20 kilómetros de la llegada, aventajando en la meta en 10 segundos al primer grupo.
El alemán Simon Geschke fue segundo por delante del italiano Enrico Battaglin y el holandés Wilco Kelderman.
El australiano de 34 años, que estrena su palmarés de victorias en una gran vuelta, volvió a la competición a finales de abril, con motivo de la Lieja-Bastoña-Lieja.
Rogers dejó el pelotón tras dar positivo en un control antidopaje por clembuterol al final de la temporada pasada. Pero sus explicaciones, una contaminación alimenticia, convencieron a las autoridades.
En la larga etapa (249 kilómetros) de este miércoles, se rodó a una velocidad media y estuvo muy animada. Una escapada de 14 corredores se formó durante el descenso del primer puerto a 170 kilómetros de la meta.
El trabajo del equipo Androni permitió al pelotón neutralizar al grupo antes del Naso di Gatto, última ascensión del día, que coronó primero el colombiano Julián Arredondo, a la cabeza de un grupo de seis que buscaban sorprender.
Tras el reagrupamiento a falta de 25 kilómetros, Rogers lanzó el ataque definitivo para firmar un nuevo triunfo australiano en este Giro de claro color “aussie” (tres victorias de etapa y el maillot de líder desde la segunda jornada) .
Se produjeron muchas caídas que obligaron a abandonar al alemán Fabian Wegmann y al australiano Luke Durbridge. El suizo Steve Morabito, principal escudero de Evans en la montaña, también sufrió un golpe pero pudo seguir en la carrera.
El jueves, la 12ª etapa propone una contrarreloj exigente de 41,9 kilómetros entre Barbaresco y Barolo, dos localidades conocidas por sus vinos. Con dos subidas en el recorrido.