En la temporada 2013/2014 -tras asumir el equipo que había ganado el triple dirigido por Jupp Heynckes- Guardiola vio como su equipo caía eliminado a manos del Real Madrid.
En la ida en el estadio Santiago Bernabeu el Bayern perdió por 1-0, lo que dejaba abierta la eliminatoria, pero en la vuelta sufrió una desastrosa goleada por 0-4.
Guardiola fue muy criticado por aquel partido y posteriormente admitió que aquellas opiniones tenían plena razón pues él se había equivocado en el planteamiento.
En la temporada 2014/2015 el verdugo del Bayern de Guardiola en semifinales fue el Barcelona que se impuso en el Camp Nouo por 3-0.
El Bayern logró ganar entonces por 3-2 el partido de vuelta en la Allianz Arena pero no consiguió remontar la eliminatoria.
Una de las críticas que se le han hecho a Guardiola desde su llegada al Bayern es que el equipo llega sin reservas a la primavera y, con ello, a la disputa de las semifinales.
