Los sindicados intentaron que el proceso fuera trasladado al Juzgado Quinto Penal, donde iniciaron las pesquisas por el supuesto saqueo de dinero de la mencionada cartera. Pero Villatoro explicó que no se podía aceptar la petición, pues dos Salas de Apelaciones del ramo Penal habían resuelto que el caso permaneciera en la judicatura a su cargo.
Según la investigación del Ministerio Público, la sustracción del dinero se registró entre enero y diciembre del 2001, durante el gobierno de Alfonso Portillo Cabrera, extraditado a Estados Unidos por delitos de conspiración para lavar dinero.