Brennan perdió su oportunidad de ocupar un cargo de esta magnitud en la CIA en 2009, debido a su apoyo a ciertas “técnicas de interrogación controvertidas” durante la administración de George W. Bush, un asunto que seguramente volverá a surgir en cuanto se conozca su confirmación en el cargo.
Su tarea como asesor en seguridad nacional y antiterrorismo en 2009 no requirió la confirmación del Senado, y de este modo evitó el escrutinio del Congreso.
Formado y entrenado como un espía, Brennan ascendió rápidamente en tanto analista y jefe de antiterrorismo en la oficina regional de la CIA en Medio Oriente y sur de Asia.
En 1995, era asistente ejecutivo de George Tenet, el subdirector de la agencia, quien luego se convirtió en el director que fungió en ese cargo durante más tiempo dentro de la CIA.
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Brennan siguió avanzando y devino responsable de la base de la CIA en Medio Oriente en 1996, y volvió a Washington en 1999 para desempeñarse como jefe de staff de Tenet hasta 2001, y como director ejecutivo asistente de la CIA en 2003.
Coronó una carrera de 25 años dentro de la CIA convirtiéndose en director interino del Centro Anti-Terrorismo desde 2004 hasta agosto de 2005.
Durante esos años, Brennan presenció de primera mano la puja entre la CIA y la Casa Blanca sobre la inteligencia previa a la guerra de Irak en torno a las armas de destrucción masiva y la vinculación del régimen de Saddam Hussein con el terrorismo.
Luego, se apartó del gobierno por algunos años, en los que trabajó como consultor en temas de defensa y seguridad, hasta que aceptó la oferta de Obama de ser su asesor principal en materia de antiterrorismo.
En 2009 fue duramente criticado por las declaraciones que realizó en entrevistas defendiendo el uso de “técnicas de interrogación controvertidas” .
Dijo que el “submarino”, una suerte de simulación de ahogo considerada como tortura, era incoherente con los valores de Estados Unidos y que debía prohibirse.
Pero en noviembre de 2007 afirmó en una entrevista con la cadena de televisión CBS que esas técnicas de interrogación habían dado resultado en la obtención de información que la CIA ha usado contra “terroristas realmente duros”.
