La extinción de este se hace en solicitud de la Comisión Liquidadora del Fondo Nacional para la Paz (Fonapaz).

Una vez se suscriban las bases de extinción se integrará una comisión liquidadora con dos representantes de Auditoría Interna del Ministerio de Finanzas, dos representantes de la comisión liquidadora de Fonanpaz, dos representantes que designe el fiduciario.

La comisión tendrá un plazo de seis meses, prorrogables, para verificar que se haya cumplido con regularizar la totalidad de los aportes entregados al fideicomiso y se haya solventado todas las obligaciones de ley correspondientes; concluir las operaciones pendientes; ordenar, liquidar y pagar las deudas e impuestos provisionados del fideicomiso; entre otras actividades.

En enero de 2013 el presidente Otto Pérez Molina anunció el cierre de Fonapaz, tras considerar que era una institución con “demasiados vicios”. Días después se identificó una red de corrupción que se adjudicaba contratos y comisiones.