En 1874, Casanova y Estrada emitió un dictamen sobre la petición de un vecino en relación al otorgamiento de una paja de agua que le pertenecía a la Congregación del Oratorio de San Felipe Neri, la cual había sido expulsada por el Gobierno Liberal el 27 de mayo de 1872.

El contenido de esta resolución llegó a oídos del presidente, pero lo que más lo enfureció fue que una de las cláusulas aclaraba que si los religiosos de esa Congregación regresaban al inmueble, debía devolvérseles la paja de agua.

El presidente mandó a llamar inmediatamente a Casanova y Estrada para que se presentara a su despacho. Cuando este llegó, Barrios lo insultó, lo abofeteó y lo vistió con una sotana y le ordenó barrer y caminar por las calles de la ciudad durante una semana. Parte del escarmiento también fue pernoctar en una celda del Oratorio de San Felipe Neri (4a. avenida y 7a. calle, zona 1).

Al concluir el castigo, Barrios lo citó nuevamente y le ofreció que le permitiría quitarse la sotana, siempre y cuando aceptara integrarse al liberalismo, a lo cual Casanova y Estrada respondió con un rotundo “no”. El abogado renunció al cargo de síndico, pues había decidido ordenarse sacerdote.

En privado, llevó a cabo sus estudios teológicos y como no había obispo en Guatemala, porque Miguel García Granados había expulsado al arzobispo Bernardo Piñol y Aycinena en 1871, Casanova y Estrada fue ordenado en Chiapas, el 10 de marzo de 1875.

A partir de esa fecha, el religioso ocupó varios cargos dentro de la curia. El papa León XIII lo nombró administrador de la Arquidiócesis y finalmente lo eligió arzobispo en 1886.

Algunas fuentes históricas cuentan, a manera de anécdota, que cuando Casanova y Estrada supo de la muerte de Barrios en la batalla de Chalchuapa, El Salvador, en abril de 1885, celebró una misa póstuma en su memoria y en una parte del sermón dijo: “Gracias, señor presidente, usted fue mi bienhechor”.