El Viernes Santo 9 de abril de 1982 fue de triste recuerdo para los devotos del templo El Calvario, ya que pocos minutos después de haber salido la procesión del Santo Entierro, a unas cuadras fueron detonadas varias bombas panfleteras, lo cual provocó una avalancha de personas que huyeron por el retumbo, que se escuchó en varias cuadras a la redonda.
Mujeres desmayadas, niños perdidos e histeria colectiva se apoderaron de quienes presenciaban el cortejo, el cual continuó su marcha con el esplendor acostumbrado, sin lamentarse daños personales ni materiales.
A pesar del susto, los ataques no cesaron, ya que al año siguiente varias iglesias fueron víctimas de sabotaje.
Por ejemplo, el Viernes Santo 1 de abril de 1983 una mujer identificada como Ligia Villatoro de Zabala se acercó a las andas de Jesús de Candelaria de forma sospechosa. Uno de los sacristanes se percató de su presencia y observó que la mujer rociaba gasolina sobre la túnica del Nazareno con la intención de prenderle fuego. Fue detenida y se evitó que destruyera la imagen. A pesar de la acción, el entonces párroco de Candelaria, monseñor Marco Aurelio González Iriarte, no presentó cargos contra ella.
Ese mismo año, el Martes Santo, sujetos causaron daños al decorado de las andas del Señor Sepultado de Santo Domingo.
En El Calvario, el sistema eléctrico de la procesión fue saboteado, mientras que un desconocido cortó con un cuchillo la túnica de la Virgen de Soledad. En La Recolección recibieron llamadas anónimas y robaron dinero de la sede de la Hermandad.
El gobierno de la época, presidido por el golpista Efraín Ríos Montt, no se pronunció ante los ataques, a pesar de que eran frecuentes sus mensajes con tinte religioso los domingos por la noche.
Accidentes
En varias oportunidades las procesiones han tenido inconvenientes por incidentes que escapan al control de los organizadores.
Uno de estos fue el incendio de las andas de Jesús de los Milagros, el Domingo de Ramos de 1993, en el parque Colón, cuando la parte trasera de las andas comenzó a arder debido a que cayeron chispas por el contacto de cables de alta tensión sobre el decorado. El rápido actuar de los cucuruchos y del escuadrón de romanos evitó una desgracia mayor.
Un hecho similar ocurrió el Viernes Santo de 1998, cuando chispas del tendido eléctrico provocaron un incendio en las andas de Jesús de La Merced, cuya imagen resultó sin daños.
El Domingo de Ramos del 2014, el Nazareno de los Milagros tuvo que ser retirado a medio recorrido por arreglos de urgencia, ya que se dañó la base de su cruz; a pesar del incidente, el cortejo continuó.
