El 8 de enero de 1990 se conocía sobre una epidemia de sarampión que había afectado al departamento de Totonicapán y entre diciembre del año anterior y los primeros días de enero se habían reportado la muerte de 21 niños. La mayoría de decesos se reportó en la aldea Papachaj y dos en la cabecera. Funcionarios de Salud atribuyeron las muertes a descuido de los padres quienes no habían llevado a sus hijos a las campañas de vacunación.

Días después, el 14 de enero de 1990 trascendía el reporte de ciento veinte menores fallecidos en la región de Santa María Chiquimula, Totonicapán. La información era confusa ya que el ministerio de Salud reportaba que la mayoría de infantes fallecidos eran mayores de cinco años, quienes por su edad habían escapado del control de vacunación.

Por su parte, voluntarios y promotores de salud indicaban que muchos de los fallecidos eran menores de un año. 

Estudios antropológicos apuntaba a que la propagación rápida de la enfermedad se debía a que la población se dedica principalmente al comercio y viaja de un pueblo a otro, llevando consigo el agente patógeno y además a la práctica de curaciones caseras.

El 23 de enero de 1990, el titular de la cartera de salud, doctor Carlos Gehlert Mata, reportaba que a nivel nacional se reportaban hasta ese momento 2 mil 400 casos de los cuales más de 200 habían fallecido.

Las jornadas de vacunación eran insuficientes para controlar la enfermedad ya que el 10 de febrero del mismo año se reportaban doce niños fallecidos en Tecún Umán San Marcos. El 28 de febrero se reportaban 200 casos en una escuela pública en Fraijanes.

Esta epidemia cobraría miles de muertes entre los primeros años de la década de 1990. Según manifestó Francisco Ardón, director del Centro Nacional de Epidemiología en 2011, de 8 mil 820 casos que se registraron murieron 5 mil, agravados por las condiciones de desnutrición. Los últimos casos de sarampión en el país datan de 1997.

Otras epidemias como la del dengue clásico, hemorrágico y cólera afectaron a la población en esa década. En años recientes se registraron la gripe A (H1N1), Chikungunya y Zika.