El perdedor Ydígoras acusó al gobierno de Arévalo de haber favorecido a Árbenz en los comicios. No contento, se supo que colaboró activamente con la Central Americana de Inteligencia (CIA) de los Estados Unidos para derrocar a Árbenz, lo cual logró con la intervención del gobierno norteamericano y el Ejército de Liberación Nacional liderado por Carlos Castillo Armas.
El general Ydígoras vio en la intervención extranjera una nueva oportunidad para hacerse con el poder. Lo que no esperaba es que Castillo Armas tenía el propósito y ante su liderazgo lo envió como embajador a Colombia para alejarlo de la escena política.
Cae Castillo Armas
Luego de haberse puesto en marcha la contrarrevolución, el 26 de julio de 1957 el golpista Carlos Castillo Armas fue asesinado en circunstancias nunca aclaradas, por lo que el primer designado a la presidencia, Luis Arturo González López asumió el organismo ejecutivo.
González López tenía como objetivo principal convocar a nuevas elecciones en las que participaron tres candidatos: Miguel Ortiz Passarelli, Miguel Asturias Quiñonez y nuevamente Miguel Ydígoras Fuentes. El 20 de octubre de 1957 se realizan los comicios los cuales fueron ganados por Ortiz Passarelli quien obtiene el 51.64 por ciento de los votos, seguido por Ydígoras quien obtiene el 37.10.
Las protestas ante un supuesto fraude se presentaron, encabezadas por el general Ydígoras. Ante la presión las elecciones quedaron anuladas, González López renuncia a la presidencia y se forma un triunvirato formado por los militares Óscar Mendoza Azurdia, Roberto Lorenzana y Gonzalo Yurrita Nova.
La nueva junta provisional de gobierno fue efímera ya que estuvo en el poder únicamente dos días. En ese momento resurge la figura del coronel Guillermo Flores Avendaño, quien fue nombrado Presidente interino por el Congreso de la República el 26 de octubre de 1957.
Elecciones de 1958
Al igual que González López, Flores Avendaño estaba llamado a convocar elecciones para elegir a su sucesor y romper con la inestabilidad política que vivía el país en los últimos años.
Ydígoras ya era reconocido por gran parte de la población por lo que no tendría difícil darse a conocer ante sus intenciones de participar nuevamente en la contienda electoral, además de tener afinidad con el presidente interino Flores Avendaño.
Muchas anécdotas se dicen de Ydígoras quien era apodado como “payaso o loco” por todo lo que hizo y prometió para ganarse la simpatía de los electores. Algunas de ellas fueron ofrecer que todos los guatemaltecos tendrían “una gallina en el puchero” y que gobernaría con “mano de acero inoxidable”; otra excentricidad que hizo durante la campaña fue una manifestación en bicicleta alrededor del Palacio Nacional, entre otras cosas.
El 19 de enero de 1958 se realizan las elecciones con la participación de cuatro candidatos: Ydígoras Fuentes, José Luis Cruz Salazar, Mario Méndez Montenegro y Jose Enrique Ardón Fernández. Al final ninguno de los candidatos logra mayoría absoluta y de acuerdo con la legislación electoral de la época, el Congreso debía realizar una votación entre los dos primeros candidatos con mayor número de votos para elegir al nuevo presidente.
La elección del Congreso se realizó el 12 de febrero de 1958. El general Ydígoras Fuentes obtuvo 40 votos de 65 diputados por lo que se convirtió en Presidente de la República. El decreto de la elección fijaba la fecha de la toma de posesión para el 2 de marzo del mismo año. Ydígoras había sido electo para el periodo constitucional del 2 de marzo de 1958 al 1 de marzo de 1964.
Toma de posesión
La sesión solemne de investidura de Ydígoras Fuentes se realizó tal y como estaba programado el 2 de marzo de 1958 en el hemiciclo parlamentario ante la presencia de unas 600 personas.
Previo al juramento, el presidente provisorio saliente, coronel Guillermo Flores Avendaño, había resignado el mando en el nuevo presidente del Congreso, diputado Julio Prado García Salas, entregándole la banda presidencial, que momentos después sería impuesta al nuevo presidente.
Entre las personalidades que asistieron al acto destacaban el presidente electo de Costa Rica, Mario Echandi, el arzobispo de Guatemala, Mariano Rossell Arellano; el nuevo presidente del organismo judicial, Luis Valladares Aycinena,; el doctor J. Guillermo Trabanino, secretario general de la ODECA; la esposa del nuevo presidente, señora María Teresa Laparra de Ydígoras, y miembros del gabinete de gobierno.
La sesión inició con el ingreso de las autoridades al hemiciclo, la nota periodística acotaba que todos vestían de gala, según el protocolo debían de asistir de “Levita”, el único que vistió diferente fue el presidente Ydígoras quien vistió de civil con un traje negro traslapado.
Luego la banda militar tocó el himno nacional, el secretario del Congreso, diputado Romeo Sandoval Carrillo, dió lectura al decreto 1,217 por el que el congreso proclamó al general Ydígoras como presidente de la República. Seguidamente el coronel Flores Avendaño, presidente saliente leyó su discurso. Al finalizar Flores entregó la banda presidencial al presidente del Congreso diciendo: “En cumplimiento de la ley, resigno el mando en la honorable representación nacional”.
Luego Ydígoras, de pie, prestó el juramento sobre la constitución vigente (1956), según el artículo 164 que dice: “Juro desempeñar con lealtad y patriotismo el cargo de presidente, cumplir y hacer que se cumpla la constitución y mantener el principio de alternabilidad en el ejercicio de la presidencia de la República”. El presidente del organismo legislativo con ayuda del secretario colocaron la banda presidencial a Ydígoras, en un principio colocándola del lado contrario, Ydígoras sonrió y corrigió el movimiento mientras el público aplaudía y gritaba “¡Viva Ydígoras!”.
El último acto de la investidura fue la lectura del discurso del nuevo presidente en el cual indicó su deseo de recuperar el territorio de Belice en el que “empeñará toda clase de esfuerzos” además de erradicar el comunismo internacional en el país; ofreció la seguridad necesaria a los “capitalistas norteamericanos y de otras nacionalidades” para que inviertan en Guatemala y la inversión estatal en salud y educación para los guatemaltecos.
La esperanza y estabilidad que Ydígoras ofreció no duró mucho tiempo ya que en su gestión se registraron muchas confrontaciones con sectores sindicales, en especial con el magisterio quien encabezó multitudinarias marchas exigiendo su dimisión, represión violenta contra las manifestaciones, el intento de una rebelión militar la cual es considerada como el inicio del conflicto armado interno, corrupción gubernamental, entre otras las cuales desencadenaron un descontento popular el cual fue aprovechado por el coronel Enrique Peralta Azurdia para realizar un golpe de Estado, derrocando finalmente a Ydígoras el 30 de marzo de 1963 quien no completó su periodo.