El cuerpo electoral se integra por cinco estudiantes y cinco profesores de cada facultad que son electos por el estudiantado y cuerpo de catedráticos, respectivamente. También forman parte cinco profesionales electos por cada colegio profesional. Este órgano, conformado en total por 170 personas, se encarga de elegir rector cada cuatro años.
Sin embargo, los cuestionamientos hacia la transparencia del proceso incrementaron luego de que el CSU decidiera, sin brindar ninguna justificación, no acreditar el nombramiento de siete cuerpos electorales aduciendo errores de forma en las actas de elecciones.
Los cuerpos excluidos son los de los colegios de ingenieros agrónomos, médicos, químicos farmacéuticos y estudiantes de la Facultad de Agronomía, los cuales pertenecen a la planilla SOS Usac, cuyo candidato a rector es el actual Procurador de los Derechos Humanos (PDH), Jordán Rodas.
Asimismo, también quedaron fuera de la elección los colegios de arquitectos, estomatológico y docentes de la Facultad de Agronomía de la planilla Avante, la cual promueve a Carlos Valladares.
