En el 2009, Quique Sánchez Flores se hacía cargo del Atlético en la jornada nueve de Liga. Relevaba a Abel con un paréntesis de un partido entre ambos dirigido por Santi Denia. Las prestaciones del Atlético con Quique, principalmente en la Europa League y la Copa del Rey, se multiplicaron exponencial mente y el equipo terminó la temporada, la competición continental y alcanzando la final del torneo del KO. En la Liga, el equipo se dejó ir y no pudo alcanzar el objetivo de la Champions. A renglón se guido, el Atlético comenzó la campaña 2010-11 y ganó otro título europeo bajo la dirección de Quique, la Supercopa de Europa.
Sin embargo, de ahí hasta final de temporada, el Atlético no consiguió meterse definitivamente en la élite. No acabó entre los cuatro primeros en la Liga y cayó estrepitosamente en la primera fase de la Europa League, donde defendía título. Qui que no fue renovado y el Atlético buscaba nuevo técnico.
Entonces se abrieron dos corrientes dentro del club. Enrique Cerezo, el presiden te, abogaba por la contratación de un hombre de perfil aguerrido, con mucha experiencia y la fama de sacar el 200 por ciento de los juga dores de los que disponía: Joaquín Caparrós. Miguel Ángel Gil Marín, el consejero delegado, se sentía más seducido por el atractivo futbol que había practicado el Barsa B, en Segunda División, de la mano de Luis Enrique. El club hizo gestiones en uno y otro sentido, pero al final ninguno de los dos firmó y fue Ca minero quien propuso una solución intermedia: Gregorio Manzano.
El jiennense volvía al Calderón para afrontar una segunda etapa, pero lo hacía con la sombra de no ser la primera elección. Manzano intentó que el Atlético jugara de forma atractiva, pero se encontró con varios obstáculos. El 70 por ciento del equipo titular no estuvo a sus órdenes durante la pretemporada y los dos referentes del equipo, Falcao y Diego, se incorporaron después.
A pesar de todo, el Atlético encadenó buenos resultados en los primeros partidos, pero fue momentáneo. En la Liga, el equipo flaqueaba y el técnico se marchaba de vacaciones de Navidad conocedor ya de que sería sustituido.