En 1796, Ruiz publicó el ensayo Proposiciones filosóficas, relativo a materias de fe. Tres años después, concluidos sus estudios en el Seminario, retornó a León, Nicaragua, para ocupar el cargo de Vicerrector del Colegio Seminario San Ramón Nonnato y enseñar Filosofía. Monseñor José Antonio de la Huerta Caso lo ordenó sacerdote en 1801.
El pensamiento filosófico que difundió en sus clases puede apreciarse en el examen que en 1803 sus alumnos Félix Pedro Avilez, Juan de los Santos Suazo, José Dolores Calvo y Desiderio Cuadra defendieron, al disertar sobre el pensamiento de Étienne Bonnot de Condillac, filósofo francés y opositor a las ideas innatas, quien defendía que todas las experiencias conscientes derivan de la percepción que proporcionan los sentidos. También lo hicieron sobre la existencia de Dios, el ateísmo filosófico y la incorporeidad del alma.
Licenciado y doctor
Retornó a Guatemala en 1803 para concluir sus estudios de Derecho Canónico en la Universidad de San Carlos. Se graduó el siguiente año de licenciado y doctor, mediante la defensa del trabajo de tesis: Los estudios de las humanidades son siempre útiles a los varones eclesiásticos y es necesario que siempre existan.
Fue el primer indígena que alcanzó tan alta distinción académica. El marqués de Aycinena fue su padrino de graduación y cubrió los numerosos que gastos de investidura. Por esta inversión, muchos graduados solo alcanzaron la licenciatura, ya que el doctorado era un acto protocolario realizado por aquellos cuya familia tuviera capacidad económica o contara con un padrino pudiente.
Gracias a este título pudo influir y conseguir que el claustro de la Universidad de San Carlos apoyara la elevación del Colegio Seminario de San Ramón Nonnato al rango de universidad. Los indígenas de Subtiava, León, Nicaragua, hicieron uso de los éxitos académicos de su paisano Ruiz, al que denominaron en su escrito el “indio Ruiz”, para solicitar a la Corona española la autorización para ser admitidos en el Colegio Seminario de San Ramón Nonnato.
Dada su condición indígena, en 1808 el Cabildo Eclesiástico de Comayagua, Honduras, no le permitió optar al cargo de maestrescuela, es decir, encargado de la enseñanza y formación del clero de una diócesis.
Las sublevaciones en San Salvador, León y Granada a finales de 1811 lo hicieron tomar partido por la causa de sus dirigentes, quienes fueron sometidos por milicias guatemaltecas, apoyada en el caso de San Salvador por el Arzobispo Ramón Casaus Torres, la oligarquía comercial capitalina que controlaba el mercado trasatlántico y las órdenes religiosas.
La identificación abierta de Ruiz con las acciones desestabilizadoras del sistema económico, político y religioso imperante no fue del agrado del arzobispo Casaus, y así en noviembre de 1812 ordenó encarcelarlo en el Convento del Colegio de Misioneros de Cristo Crucificado o Escuela de Cristo, edificio que desaparecería como consecuencia de los Terremotos de 1917-1918. Después de siete meses de prisión, el Ayuntamiento de Nueva Guatemala de la Asunción gestionó su libertad.
La cárcel acrecentó la identificación de Ruiz por la causa de sus paisanos pinoleros que, durante la sublevación de Granada, habían abolido la esclavitud negra, disminuido el tributo, rebajado la alcabala, abolido la sisa, aminorado el precio del tabaco, papel sellado y pólvora, suprimido los estancos y el repartimiento de indios y establecido el comercio por el Lago Cocibolca y Río San Juan, una ruta estratégica hacia Mar Caribe.
Conspiración de Belén
A finales de 1813 se involucró en la Conspiración o Conjuración de Belén, con el fin de liberar a los presos de Granada. Sus principales dirigentes fueron los frailes betlemitas Juan Nepomuceno de la Concepción, Manuel de San José y Víctor Castrillo; Benito Miguelena, fraile mercedario y Tomás Ruiz, cura secular.
En una de las sesiones que los encartados realizaron en la casa de la familia Bedoya, Ruiz leyó una proclama del cura insurgente mexicano José María Morelos, probablemente el escrito Sentimientos de la nación, en el que exponía los postulados básicos del movimiento emancipador en Nueva España: soberanía popular, abolición del tributo, esclavitud y tortura, libertad de comercio y celebración del día de la Virgen de Guadalupe.
El objetivo de la Conjuración de Belén no logró alcanzarse, debido a la delación hecha por dos de los asistentes a las juntas conspirativas: José de la Llana y Mariano Sánchez, milicianos del Batallón Fijo. La mayoría de participantes fue hecha prisionera y los principales dirigentes condenados a la pena de muerte por garrote. La mediación oportuna del Ayuntamiento de Nueva Guatemala de la Asunción impidió que se les diera muerte.
La mayoría recobró su libertad en 1818, junto con los presos de Granada, gracias al indulto real del 25 de junio de 1817. Sin embargo, Ruiz continuó detenido hasta el 13 de diciembre de 1819, cuando fue indultado.
Según Carlos Tünnermann Bernheim, quien fue ministro de Educación en Nicaragua, Ruiz al quedar libre solicitó permiso para trasladarse a Ciudad Real de Chiapas argumentando: yo me hallo con mi salud muy quebrantada a causa de tantos años de reclusión […] “Yo con mi viaje quiero reparar mi salud”. El Intendente de Chiapas Juan Batres Nájera le acogió en su casa, y probablemente murió en dicha ciudad.
