El mallorquín, de 27 años, que acabó el primer día de ensayos en tercer lugar tras Márquez y su compañero de equipo en Yamaha, el italiano
Valentino Rossi, se mostró muy contento con el rendimiento de su moto.
El italiano Andrea Dovizioso (Ducati) terminó en segundo lugar a menos de una centésima del español.
Márquez (Honda), quien lideró el primer día de entrenamiento, acabó tercero con un tiempo de 2m 00.146.
Su compañero en Honda, el también español Daniel Pedrosa, finalizó cuarto a 0.297 segundo de Lorenzo.
Los ensayos terminan el viernes, aunque los pilotos volverán a Sepang para otra sesión de tres días el 24 de febrero.
La nueva temporada empezará en Catar el 29 de marzo. Malasia acogerá la penúltima prueba del Mundial el 25 de octubre.