Paire, que había cedido contra Federer en sus tres enfrentamientos previos, se vio además perjudicado por unos problemas en el tobillo derecho.
El suizo, actual décimo del mundo, que juega en Dubai su segundo torneo del calendario, y el primero después de su victoria ante el español Rafael Nadal en la final del Abierto de Australia, se enfrentará ahora con el ganador del encuentro entre los rusos Mihail Youznhy e Evgeny Donskoy.
Por su parte, los españoles Roberto Bautista, sexto favorito, Guillermo García López y Marcel Granollers también pasaron a segunda ronda.
Bautista se impuso al ruso Karen Khachanov por 6-1 y 7-6 (7/4), mientras que García López hizo lo propio con el serbio Viktor Troicki por 6-4 y 6-3.
Asimismo, Granollers superó al checo Jiri Vesely por 6-3 y 6-2.
El torneo de Dubái se disputa sobre superficie dura y reparte US$ 2 millones 858 mil 230 en premios.