Viñales aventajó a su compañero Rossi en 277 milésimas y el debutante alemán Jonas Folger (Yamaha Tech3) completó el 'podio', a 462 milésimas de segundo.
Tras sufrir dos caídas el viernes, el vigente campeón del mundo, el español Marc Márquez (Honda) pudo completar la sesión y firmó el sexto mejor tiempo.
El circuito catarí, donde el domingo concluirán los entrenamientos, será el escenario del primer Gran Premio de la temporada, el próximo 26 de marzo.
Resultados de la segunda jornada de ensayos de pretemporada en el circuito de Losail (Catar):
1. Maverick Viñales (ESP/Yamaha) 1:54.455
2. Valentino Rossi (ITA/Yamaha) a 0.277
3. Jonas Folger (GER/Yamaha Tech3) 0.462
4. Cal Crutchlow (GBR/Honda LCR) 0.577
5. Aleix Espargaró (ESP/Aprilia) 0.666
6. Marc Márquez (ESP/Honda) 0.741
7. Álvaro Bautista (ESP/Ducati Aspar) 0.790
8. Jorge Lorenzo (ESP/Ducati) 0.889
9. Scott Redding (GBR/Ducati Pramac) 0.898
10. Johann Zarco (FRA/Yamaha Tech3) 0.899