Entre las funciones del consejo está gestionar y dar seguimiento a proyectos e iniciativas en torno al área protegida y sus zonas de influencia, así como coordinar acciones de mediación para la resolución de conflictos que suceden dentro del refugio.
Esta disposición se oficializa con la publicación de la resolución 471/2014 que hizo el Conap en el diario oficial, cuya vigencia es inmediata.
Los miembros del consejo deberán reunirse de forma trimestral.
El área tiene 151 mil 878 hectáreas, de la cuales 49 mil 289 son de área terrestre y 102 mil 589 acuáticas.
Su importancia radica en que tiene bosque inundable de mangle, arrecifes, bosque no inundable, pasto marino, sistema de agua dulce y salóbrega, así como playas.
En 2009 se tenía un registro de 330 especies de aves agrupadas en 59 familias, así como 118 especies de aves migratorias. Hasta el 2001 se había identificado 42 especies de mamíferos.