La tarde del 5 de febrero de 1996, 13 años después de la primera visita, los guatemaltecos volvieron a encontrarse con el Papa Juan Pablo II.

Cada centímetro de pavimento fue tapizado con alfombras de aserrín para dar la bienvenida al Pontífice, ya de 76 años, en su viaje número 68. Flores, confeti y banderas blancas y amarillas eran el fondo para los gritos: “Juan Pablo II, te quiere todo el mundo”.

El panorama político nacional se movía en la negociación entre los grupos guerrilleros y el Gobierno para el fin del conflicto armado interno. La guerrilla acordó un cese el fuego con motivo de la visita.

Esta vez, el Papa fue recibido por el presidente Álvaro Arzú y su esposa. Dos niños indígenas le presentaron un azafate que recogía tierra de las 16 diócesis del país. La bendijo.

En su discurso de llegada declaró: “En cuantas ocasiones me ha sido posible no he dejado de pedir que se hagan todos los esfuerzos necesarios para detener el fragor de la guerra”. El entonces canciller Gabriel Orellana recuerda que el Papa lo llamó sorpresivamente, al igual que al canciller de Belice. “La primera sorpresa fue que nos habló en español, nos tendió la mano a cada uno y dijo que oraba mucho para que Belice y Guatemala tendieran un puente de amistad y hermandad, y que oraría y haría votos para que se resolviera amistosamente el conflicto territorial entre ambos países —que lleva más de cien años—”, añade.

El Papa expresó, además: Urge la verdadera paz. Una paz que es don de Dios y fruto del diálogo, del espíritu de reconciliación, del compromiso serio por un desarrollo integral y solidario de todas las capas de la población, y especialmente el respeto por la dignidad de cada persona.

En esta visita hubo dos misas el 6 de febrero: una oficiada en una explanada, en el Valle de Marìa en Esquipulas, y otra en el Campo Marte, donde dedicó su mensaje a los catequistas, sobre todo a los que fueron asesinados por predicar la Palabra.

Veneró al Cristo Negro

El Papa viajó en helicóptero a Esquipulas, la madrugada del 6 de febrero. El motivo era cerrar el jubileo por los 400 años de veneración del Cristo Negro de Esquipulas, ante el cual se postró a rezar. La misa fue oficiada en el Valle de María, ante unos 300 mil peregrinos. Los preparativos estuvieron a cargo de monseñor Rodolfo Quezada Toruño, entonces prelado de Esquipulas y quien después fue nombrado arzobispo metropolitano. Al finalizar la misa el Santo Padre se trasladó en vehículo  a la Abadía de la Basílica, luego de un breve descanso ingresó en forma privada al camerín del Santo Cristo oró ante la imagen, la incensó y la bendijo. Esta sería la primera vez que un pontífice se postra ante la imagen venerada del Cristo Negro.

Al despedirse de los guatemaltecos, Juan Pablo II dijo: “Como peregrino de paz he venido a postrarme a los pies del Cristo Negro y a implorarle la paz definitiva y duradera que brota del costado abierto del Redentor. Me dirijo a todos, pero muy especialmente a quienes ocupan puestos de mayor responsabilidad, exhortándolos a favorecer un clima de pacífica convivencia, solidaridad y justicia para todos los guatemaltecos”. En su tercera visita en 2002 al país en su discurso de bienvenida se encomendó al Santo Cristo de Esquipulas en el inicio de su viaje apostólico.