La cuenca del Lago de Amatitlán corresponde a la parte alta del río María Linda, tiene una extensión de 382 km cuadrados y está conformado por 14 municipios, de los cuales siete tienen mayor injerencia, siendo estos: Mixco, el sur de Guatemala, Villa Nueva, Sta. Catarina Pinula, Villa Canales, San Miguel Petapa y Amatitlán. Está ocupada en el 51% por área industrial y urbana, donde se ubican más de 900 industrias de diferentes ramas que operan alrededor de este y que utilizan los ríos Pinula y Quadro, que pasan por San José Pinula.

La construcción del relleno, en 1881, dio paso al ferrocarril y dividió físicamente al lago en dos partes, limitando el flujo natural de sus aguas. En 1946 se generó una planta de energía eléctrica, La Laguna, en la margen sur, y el uso de sus aguas para hacer funcionar la central hidroeléctrica Jurún Marinalá afectaron considerablemente el comportamiento natural del lago. Esta hidroeléctrica del Inde utiliza el lago como embalse, mediante la colocación de compuertas, haciendo oscilar el nivel del agua de acuerdo con sus necesidades, hecho que afecta especialmente a las riberas y edificaciones instaladas en sus márgenes, causando diversos e irreparables daños a su cuerpo hídrico, con repercusiones en la flora y la fauna del lugar. A la fecha se ha deforestado el 45% de los bosques originales y de los restantes, provocando problemas de erosión, sedimentación y disminución en la recarga de acuíferos.

En 1996 se constituyó la Autoridad para el Manejo Sustentable de la Cuenca del Lago de Amatitlán (Amsa), pero ningún esfuerzo por regular el crecimiento de la región metropolitana. Solo existe el modelo creado por la alcaldía de Villa Nueva, “La Mancomunidad del Sur del Departamento de Guatemala”, que está constituida por los municipios de Amatitlán, Mixco, San Miguel Petapa, Santa Catarina Pinula, Villa Canales y Villa Nueva. Juntos integran menos de un 1% del territorio nacional y casi el 25% de los habitantes.

Las intervenciones actuales al lago las hace la empresa de seguridad (¿?) M. Tarcic Enginnering Ltd. (Desconocida) con la Vicepresidencia de la República. Mientras el Ministerio de Salud del Estado de Israel, el 31 de diciembre de 2013, advirtió a la población de dicho país que las sustancias creadas por el científico Hanan Elraz pueden “suponen un peligro para la salud, las cuales fueron suspendidas comercialmente por el Ministerio de Salud de Israel”. (elPeriódico). Ante todo esto, la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia de la Usac ha solicitado a Amsa suspender el proyecto.

Por lo tanto, para analizar la situación del Lago de Amatitlán se debe empezar por definir la situación de la región y realizar una Planificación Regional, como la de 1972, a través del Esquema de Ordenamiento Territorial Edom y en 1980 la formación del Distrito Central. En este valioso intento se habían tomado en cuenta todos los factores que iban a afectar la Región Central, como el uso del suelo y, por consiguiente, las amenazas al Lago de Amatitlán, que serviría como fuente de agua para el área.