La película se desarrolla 10 años después de los sucesos de la anterior entrega. La República se desmorona, ahora bajo el mandato del supremo canciller Palpatine, elegido para reconstruir el fragmentado gobierno. Los Separatistas amenazan con la guerra y el Senado trata de conservar la frágil paz. Obi-Wan descubre que un ejército de clones se ha creado en secreto para la República.

Anakin Skywalker tiene por misión proteger a la senadora Padmé Amidala, pero sentimientos amorosos nacen entre ellos, emociones que el joven padawan tiene prohibidas, pues ha jurado lealtad a la Ordne Jedi y provocarán su propia perdición.

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