Fonseca e Costa nació en 1933 en Angola, antigua colonia lusa, y se mudó a Lisboa en 1945, donde desarrolló su carrera cinematográfica.

Está considerado uno de los iconos del Novo Cinema y su cinta Kilas, o mau da fita (1980) obtuvo una mención especial en el Festival de Biarritz, convirtiéndose en uno de los títulos más taquilleros de la historia del cine portugués.

En su filmografía también destacan películas como O recado (1972), Cinco días, cinco noites (1996) y A mulher do próximo (1988), con la que consiguió el máximo galardón del Festival de Huelva.

El realizador fue además cofundador del Centro Portugués de Cine y dirigente de la Asociación de Realizadores de Cine y Audiovisual lusa.