Este Ministerio ha sido uno de las que más cambios ha sufrido en esta administración, ya que en 2012, el entonces viceministro de Defensa, Antonio Lemus Guzmán, pasó a dirigir el viceministerio de Marina y fue sustituido por Edwin Nájera Castañeda, quien en ese entonces estaba a cargo de la Fuerza Aérea Guatemalteca. Meses después, Nájera fue sustituido por Cifuentes López.

En julio de 2013 asumió la jefatura de esa cartera Manuel López Ambrosio, en sustitución de Ulises Anzueto, quien cumplió su tiempo de servicio en la institutución armada.