En el año 1776 los padres de la Merced, recibieron los solares correspondientes en la Nueva Guatemala de la Asunción, en donde iniciaron con la construcción de un nuevo templo y convento. Dos años más tarde se había concluido la construcción de la sacristía y la iglesia y capilla primitiva, – hoy salón de Jesús – que sería utilizada mientras se finalizaban los trabajos de la iglesia.

En julio de 1778, como una medida de presión a los vecinos que se negaban a instalarse en la nueva ciudad,  se trasladó la Consagrada imagen de Jesús Nazareno, acompañado de la imagen de Nuestra Señora de las Mercedes. Los antigüeños despidieron la imagen del señor con una profunda tristeza en el puente del Matasano. La caravana arribó dos días después a la ciudad de Guatemala. Esto en efecto propició que numerosas familias que vivían en Santiago, se trasladaran al “Valle de la Virgen”.

Para inicios del siglo XIX, se continua con la construcción del templo y convento, a cargo de los mismo arquitectos y constructores que trabajaron en la edificación de la Catedral Metropolitana, de allí las varias similitudes, aunque cada una con características propias. Cabe destacar el trabajo de José de Sierra, Joaquín Vásquez, Antonio Porta, entre otros.

En 1813 cuando los trabajos de construcción estaban prácticamente finalizados se trasladaron objetos restantes, altares, retablos, mobiliario, pinturas, imágenes que aún se encontraban en el templo de la Merced en Antigua Guatemala. Se realiza el acto de consagración del templo a cargo del arzobispo metropolitano, Fray Ramón Casaus Torres.

Terremotos y restauraciones

Años más tarde durante los terremotos de 1917 y 1918 la iglesia sufriría serios daños, desplomándose los campanarios y la pequeña cúpula de bóveda de media naranja. Se realizaron trabajos de reconstrucción, sin embargo los últimos cuerpos de los campanarios no fueron terminados.

La cúpula actual se erigió en 1924, según planos del arquitecto Gustavo Novella, con detalles de Agustín Iriarte y sobre todo del afamado escultor Julio Dubois, a quien corresponde entre otros detalles el diseño de los leones.

Luego del terremoto del 4 de febrero de 1976, la estructura del templo resulta con grandes daños, se desploma la mitad del presbiterio y la bóveda queda a punto de colapsar, así como severas grietas a lo largo de las naves centrales y laterales, por lo que se inicia un nuevo proceso de reconstrucción y restauración.

En las décadas de los ochentas y noventas se reconstruyen los campanarios que habían sido destruidos varias años atrás, a la vez que son colocadas las campanas una de las cuales está dedicada a Jesús de la Merced, que según la tradición oral, cuanta con permiso papal, para que pueda ser tañida el Viernes Santo.