En 1743 fue elevada a la categoría de Catedral, tiempo en que fue uno de los templos más hermosos de toda la Capitanía General. Los terremotos de 1773 causaron severos daños y buena parte de sus retablos e imaginería fueron llevados a la Nueva Guatemala de la Asunción. No se conservan muchos de ellos porque fueron saqueados en 1840 durante el sitio que hiciera el liberal Francisco Morazán a la Ciudad de Guatemala.

Actualmente se conserva una cripta y también está en funcionamiento una de las capillas, que funge actualmente como templo parroquial, cuya recuperación se hizo en el siglo XIX.

En la primera catedral estaban sepultados los restos del conquistador Pedro de Alvarado, trasladados a petición de su hija, pero desaparecieron a raíz de la primera demolición.