Pero el español Ander Herrera igualó a los 65 por el United y Marouane Fellaini aprovechó un rebote para hacer el 2-1 siete minutos después.
Wayne Rooney resolvió el encuentro convirtiendo un penal a los 88, luego que el árbitro determinó que el arquero Thorsten Stuckman lo zancadilleó en el área.
Tras la victoria, el United se medirá en los cuartos de final al Arsenal, campeón defensor, el mes próximo.