Mrdakovic comenzó su carrera en la ciudad meridional serbia de Nis, de donde pasó al Partizan.
Militó en más de una docena de clubes, entre otros en el Anderlecht y el Gante belgas, el Salzburgo austríaco, el Maccabi israelí y los serbios Vojvodina, Rad y OFK Beograd, en el que disputó 48 partidos y marcó 24 tantos, y terminó su carrera, en 2017.
Jugó nueve partidos con la selección serbia sub 21 y tres encuentros con el equipo nacional en los Juegos Olímpicos de 2008.
El diario Novosti indica que Mrdakovic tiene un hijo, de 16 años, que también se dedica al futbol.
