El zurdo guatemalteco se formó en la escuela de Chichi Bonilla, en su natal Jalapa, hasta que a los 17 años debutó ya se entrenaba con el equipo mayor de la mano del técnico Benjamín Monterroso, por el talento que mostraba pasó a la filas de Sanarate.

Su buen momento hizo que regresara a Jalapa, ahora con el técnico Julio César el Pocho Cortés. Hubo cambio de entrenadores, pasó Julio González y después Gustavo de Simone, quien le dio la oportunidad. El gran debut se dio en el 2005, contra Suchitepéquez.

El reconocimiento por su juego llegó en el 2007, con su primer título de campeón nacional.Su forma de desplazarse en el campo, su toque sutil con la zurda y su entrega en el equipo hizo que Comunicaciones no dejara escapar la oportunidad de contratarlo.

En junio de este año cumplió siete años de portar la camisola blanca, con la que ha cosechado nueve títulos, en 14 torneos cortos disputados.

Jean Jonathan ha sido uno de los jugadores más importantes en la obtención del hexacampeonato por el talento que ha derrochado en el terreno de juego.