Familiares de las 41 menores fallecidas en el 2017 por el incendio en el hogar Refugio de Guatemala habían pedido desde marzo de 2018 el retiro de la inmunidad para que pueda ser investigado por este hecho.

“Existen indicios de la participación del mandatario en la toma de decisiones el día 7 de marzo (un día antes de la tragedia) en contra de las y los menores” que se habían escapado de la institución ese día”, expresaron en una declaración las familias de las víctimas y sobrevivientes, junto a organizaciones humanitarias, el día de la petición. 

Morales también enfrenta otro proceso de solicitud de retiro de antejuicio por el financiamiento no reportado del partido FCN-Nación, sin embargo esa petición aún no se ha resuelto.

El 25 de agosto del 2017, el MP presentó una solicitud de antejuicio contra  el expresidente Morales por el supuesto financiamiento electoral ilícito de Q6.7 millones que no fueron reportados por FCN Nación al Tribunal Supremo Electoral (TSE).