Con mayoría absoluta el partido ARENA obtenía el poder por otros cuatro años más. Flores, un profesor de filosofía se había convertido en el presidente más joven de su país, al asumir con 39 años. “Mi gobierno será abierto, cercano a la población y apoyando a todos los sectores”. El joven político se declaró ganador de las elecciones presidenciales, apenas dos horas después del cierre de urnas el 7 de marzo de 1999.

Toma de posesión

El Salvador entraría al nuevo milenio con un presidente joven. El 1 de junio de 1999 Prensa Libre informó sobre la toma de posesión del nuevo mandatario salvadoreño.

“Francisco Flores, un filósofo de 39 años fue investido como trigésimo tercer presidente de su país en el siglo XX, en un acto al que asistieron los presidentes centroamericanos y el de República Dominicana, el primer ministro de Taiwán, los príncipes de España, Felipe de Borbón, y Alberto de Mónaco, y delegaciones oficiales de otros 60 países”, informaba la nota periodística.

El nuevo gobernante encabezaría el tercer gobierno consecutivo del partido ARENA, al que su más fuerte opositor, el partido de izquierda Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional, FMLN, no augura muchos éxitos por las supuestas presiones que tendrá de parte de sectores conservadores.

En su primer discurso como presidente, Flores ofreció prioridad a la generación de empleos, la seguridad ciudadana, la inversión social, el fortalecimiento de las instituciones democráticas y de la economía, así como una amplia apertura a la Prensa.

Uno de los hechos más sobresalientes de su periodo presidencial fue la implementación de una Ley de Integración Monetaria, la que permitió el proceso de dolarización del país. El objetivo de la reforma era reactivar la economía local que no se había levantado tras la guerra civil que vivió durante más de 12 años.

Un duro golpe a la gestión de Flores fueron los terremotos que afectaron El Salvador entre enero y febrero de 2001 el cual dejó millonarias pérdidas en infraestructura y más de mil muertos. A raíz del desastre el gobierno de Estados Unidos benefició con el Estatus de Protección Temporal (TPS) a más de doscientos mil salvadoreños migrantes en el país norteamericano.

Investigación

Flores entregó el poder en 2004 a Elías Antonio Saca, quien ganó las elecciones a través del partido oficial, ARENA con un país sumido en la pobreza y la inseguridad. En 2013 se inició una investigación por parte de la Fiscalía General de El Salvador a raíz de un posible delito de peculado en las negociaciones de una firma de distribución eléctrica, sin embargo se descubrieron indicios de que Flores había recibido dinero de Taiwán, aparentemente como ayuda humanitaria para las víctimas del Terremoto de 2001, donación que nunca llegó a las manos de los damnificados.

El 19 de septiembre de 2014 Flores fue trasladado a prisión tras habérsele revocado el arresto domiciliario. El 30 de octubre fue hospitalizado por sufrir una trombosis lo cual complicó su estado de salud. Durante varias semanas su vida transcurrió entre la prisión y el hospital hasta el 30 de enero de 2016 día en el que falleció tras estar una semana en coma. El proceso en su contra continuará a pesar de su muerte con el objetivo de establecer la responsabilidad civil del fallecido en los delitos que se le acusaban y la recuperación de los bienes.