Es así como el 26 de septiembre de 1979, el Organismo Ejecutivo por medio del Ministerio de Comunicaciones y Obras Públicas, emitió el Acuerdo de creación de la Unidad Ejecutora del Complejo Portuario en el litoral pacífico, UNECPA. La unidad fue concebida como adscrita a la Presidencia de la República, con vigencia desde el 3 de octubre del mismo año.

En 1980 se inicia la construcción del puerto, y el 18 de marzo de 1983 se inauguraron los servicios portuarios, los que se comienzan a prestar en condiciones limitadas, dado que el complejo portuario se encontraba aún en construcción. En noviembre de 1985 se concluyó la primera fase constructiva del puerto, quedando en ese momento concluida la función de UNECPA; inaugurando el puerto y la empresa portuaria creada para su administración.

Objetivos del Puerto

El objetivo general del Puerto es el de impulsar el desarrollo económico-social del país, en especial el de la región de la costa sur. 

Entre los objetivos específicos de dicha dependencia se mencionan:

• Incrementar las actividades comerciales e industriales, vinculadas con la importación y exportación a través de la ruta al Pacífico.
• Facilitar y agilizar el movimiento de carga y descarga.
• Evitar la fuga de divisas por las operaciones que se ejecutan a través de puertos extranjeros.
• Reducir costos de transporte y riesgos que se corren al operar por medio de puertos extranjeros.
• Contribuir a la solución de los problemas de la desocupación, al ofrecer fuentes de trabajo durante su construcción, su funcionamiento, así como en otras actividades y áreas que serán estipulardas por la influencia del puerto.
• Descentralización de industrias.

El puerto se ubica en el litoral pacífico de Guatemala en la localización: latitud norte, 13º, 54',51″. Longitud oeste, 90º, 47', 07″. 

Puerto Quetzal está comunicado por vías terrestres a través de carreteras a una distancia promedio de 100 kilómetros de la ciudad de Guatemala. En su momento tuvo comunicación con el ferrocarril, conectándose ambas formas de comunicación a las redes viales del país.

La fase de construcción marítima fue ejecutada por la empresa francesa Dragages Et Travaux Publics, empresa especializada en este tipo de proyectos. Básicamente su trabajo se desglosa así: dragado, rompeolas, muelles, infraestructura, plataformas e instalaciones generales. 

El primer barco que atracó en el Puerto Quetzal fue un buque llamado Spiliada, de bandera liberiana, el 18 de marzo de 1983 y se cargó un embarque de 220 mil quintales de azúcar con destino al Puerto de Guayaquil, Ecuador. 

Polémica

La administración del Puerto desde su creación ha sido la Empresa Portuaria Quetzal. Ésta fue intervenida el 24 de mayo de 2011 para evitar el trasiego de furgones con droga o armas para terroristas y con el objetivo de desmantelar una supuesta red de empleados dedicada al contrabando y la corrupción, lo cual ponía en riesgo la calificación internacional del Puerto, según el gobierno presidido por Álvaro Colom. 

Diputados del desaparecido partido Libertad Democrática Renovada (Lider) denunciaron el 1 de agosto de 2012 un supuesto proyecto para privatizar la EPQ, la cual sería concesionada a la española Grupo TCB por más de US$400 millones. En ese entonces el gobierno presidido por el presidente Otto Pérez Molina manifestó la intención de modernizar los puertos del país.

Al día siguiente, el 2 de agosto de 2012 se conoció la firma del usufructo entre la EPQ con Grupo TCB ante la sorpresa de los representantes de las navieras quienes desconocían el acuerdo. El interventor de la EPQ Allan Marroquín, informó que una de las condiciones del acuerdo eran que TCB generara a la portuaria más movimiento de carga, disposición a invertir sus fondos privativos y no afectar los derechos de los trabajadores. El incumplimiento de alguna de las condiciones daría derecho a la Portuaria a rescindir el contrato. 

El secretismo de la operación provocó críticas al gobierno de varios sectores. El presidente Pérez Molina defendió el usufructo indicando que nada fue secreto y que ya se habían dado 23 contratos de usufructo en el Puerto y se otorgó a TCB porque no pedía exclusividad en el manejo de los contenedores.  Ante las cuestionantes y acciones legales se pospuso la entrega del usufructo a TCB. 

El 27 de marzo de 2013, miércoles santo, se conoció la entrega del usufructo para la construcción de una terminal portuaria y el manejo de su carga con la Terminal de Contenedores Quetzal (TCQ), pese a la oposición de varios sectores incluidos varios sindicatos de la Empresa Portuaria Quetzal (EPQ). El presidente Pérez Molina justificó haber hecho el anuncio en Semana Santa porque habían plazos de fianzas que estaban por finalizar.

El usufructo valdría durante 25 años y se entregaban 384 mil 171 metros cuadrados de terreno de la EPQ a TCQ, subsidiaria de Terminal de Contenedores de Barcelona. 

La Procuraduría General de la Nación, PGN, recomendó declarar nulo el contrato firmado en 2012 tras detectar varias anomalías, por lo que el proceso se estancó desde que renunciara el presidente Otto Pérez Molina. Al tomar el gobierno el Presidente Jimmy Morales debía de decidir si se anulaba, cambiaba o se mantenía en vigencia la negociación con TCQ, sin embargo trascendía el día de hoy 15 de abril de 2016 la captura del director de la terminal de TCQ, Juan José Suárez, del ex secretario general de la Presidencia, Gustavo Martínez, cuatro sindicalistas de la EPQ y la implicación de los ex mandatarios Otto Pérez Molina y Roxana Baldetti por asociación ilícita, fraude y cohecho activo por la suscripción del usufructo.