El 18 de marzo de 1840, Francisco Morazán toma la Ciudad de Guatemala, pero es derrotado por Rafael Carrera, gracias a una hábil estrategia militar. En ese momento, prácticamente Guatemala era un Estado soberano. Sin embargo, pasarían siete años antes de la declaración formal.

La insurrección comenzó en junio de 1837, cuando Carrera presentó un pliego de peticiones al gobierno de Mariano Gálvez, quien renunció aquel año. El 24 de marzo de 1839, en un pronunciamiento hecho en Mataquescuintla, Carrera acusa a Morazán de cometer atrocidades y le declara la guerra, aliado con conservadores guatemaltecos, hondureños y nicaragüenses.

En marzo de 1840, Morazán y unos cuantos oficiales escapan y huyen luego de la derrota. Hay desórdenes públicos y el gobierno es inestable. Carrera es nombrado presidente por la Asamblea, y toma posesión el 14 de diciembre de 1844.

El embajador británico Fréderick Chatfield temía la influencia expansionista de EE. UU. sobre el Istmo, y por ello alentó a Carrera a declarar la independencia absoluta, con lo cual esperaba que Guatemala fuera más dependiente de la protección británica. El 9 de marzo de 1847, el gobierno notifica a los otros Estados centroamericanos su decisión de declarar su independencia absoluta.

La proclamación oficial se hace el domingo 21 de marzo de 1847, mediante el decreto 15, de Rafael Carrera, surge la República de Guatemala, y se abandona la posibilidad de la unión centroamericana, que se había resquebrajado. Al mismo tiempo, Carrera suscribió un manifiesto en que justificaba su decisión. Entre otras cosas, apuntó que Guatemala contaba con “una población superior á la de otras repúblicas del antiguo y el nuevo mundo; ocupa un rico y extenso territorio (…); comprende 300 y más pueblos. En una palabra, Guatemala abunda en todos los elementos que constituyen el poder y la fuerza de los Gobiernos independientes”.

De 1851 a 1869 la economía fue favorable, debido a la relativa paz del momento. El principal producto de comercio era la cochinilla, producida por el animal del mismo nombre, en el nopal. En 1858 esta producción entra en crisis, lo que da paso a la caficultura. Carrera consideraba que el café sería el sustituto de la grana. A su muerte, en 1865, lo sucede el gobierno de Vicente Cerna, poco funcional y caduco, por lo que genera descontento popular.

El cultivo del café contemplaba otros aspectos, como la tenencia de la tierra, los créditos agrícolas, construcción de puertos para la exportación y otros que Cerna, por su posición ideológica, no deseaba impulsar.