Las áreas abarcan partes del estado nororiental de Yobe y los estados centrales de Plateau y Niger, todos afectados por los ataques navideños que dejaron al menos 42 muertos, por los que reclamó responsabilidad la secta conocida como Boko Haram.
El grupo atacó iglesias y una de las oficinas estatales de la Policía secreta de Nigeria.
El presidente declaró también el estado de emergencia en partes del estado norteño de Borno, bastión de la secta.
Jonathan dijo además el sábado que instruyó a las autoridades de seguridad que establezcan una unidad especial antiterrorista para combatir la amenaza de Boko Haram.