Una de las características que hacen único a San Francisco es su enorme atrio, rodeado por un muro y con dos puertas de entrada: la de San Buenaventura, que da al norte y la de San Francisco, hacia el poniente, ambas erigidas en el siglo XVII, con intrincada ornamentación muy propia del barroco.

El templo ha sido reconstruido varias veces, pero su actual forma data de 1692, cuando se le agregaron grandes bóvedas para los entierros así como el coro alto.Tiene forma de cruz latina y fue consagrado en 1714 por el obispo Juan Bautista Alvarez de Toledo.

El terremoto de 1773 resquebrajó la bóvedas y derribó la cúpula, pero al año siguiente los vecinos reconstruyeron la capilla de San Francisco.

Con información de sanfranciscoantigua.org