Cuatro monasterios contaba ya la floreciente capital del Reyno de Guatemala en el valle de Panchoy cuando el señor obispo, Fray Juan Bautista Álvarez de Toledo solicitó la fundación del monasterio de Capuchinas Recoletas. Este momento quedó plasmado en un lienzo del célebre pintor Tomás de Merlo, el cual todavía se conserva.
El lienzo recuerda los pormenores de la fundación del monasterio de Nuestra Señora del Pilar por seis religiosas procedentes del monasterio de Madrid, España. Llegaron con el presbítero Luis de Coello y Gaytán a Santiago de Guatemala el 4 de febrero de 1726.
El nuevo monasterio fue fundado solemnemente el 20 de marzo de 1726, siendo obispo de Guatemala el Dr. Nicolás Carlos Gómez de Cervantes. El monasterio tenía como titular a Nuestra Señora del Pilar y la Iglesia al arcángel San Miguel.
Con la destrucción de la ciudad de Santiago el 29 de julio de 1773 la mayoría de sus construcciones quedaron en ruinas. El convento de Capuchinas no fue la excepción y aunque en un principio se resistieron a trasladarse al Valle de la Ermita, terminaron accediendo.
Se les asignó un solar en la cuadra número 65 de la nueva ciudad con cien varas de frente y 150 de fondo para la construcción del convento e iglesia. El 10 de abril de 1776 se dió posesión a la orden del predio.
La construcción del nuevo convento e iglesia estuvo a cargo del maestro de obras criollo, don Marcos Bernardo Ramírez.
El 7 de agosto de 1789 fue consagrada la nueva iglesia dedicada a San Miguel por el arzobispo Cayetano Francos y Monroy, quien fue sepultado el 17 de julio de 1792 cerca del altar mayor.
La iglesia tiene como imagen titular también a Nuestra Señora del Pilar, su imagen se ubica en el nicho principal del altar mayor de estilo neoclásico, mismo que contrasta con la riqueza ornamental de los otros retablos en estilo barroco.
