Pedroza fue detenido por el Departamento de Investigaciones Criminológicas de la extinta Policía Nacional (DIC) en cumplimiento de una orden emanada de un juzgado, donde se le tramitaba un proceso por estafa múltiple. 

El imputado señaló que los responsables de su detención fueron diputados del Frente Republicano Guatemalteco (FRG), pues cuatro meses atrás el líder sindical tuvo un problema personal con el diputado José Fernando García Bravatti, y que su captura tenía un móvil político, ya que los sindicalistas realizarían pláticas con autoridades del Congreso para revisar el Pacto Colectivo de condiciones de trabajo en dicho organismo.

El líder sindical estuvo varias horas en la carceleta de la Torre de Tribunales antes de prestar declaración. El proceso en contra de Perdroza no prosperó y actualmente continúa sus funciones dentro del SINTRACOR, de acuerdo con su página web.

Desfalco en el IGSS

El 8 de junio de 2003 fue capturado el representante de los trabajadores ante la Junta Directiva del Instituto Guatemalteco de Seguridad Social (IGSS) Rigoberto Dueñas, por su supuesta participación en el desfalco millonario en dicha institución a través de un fideicomiso de vivienda por Q239 millones. 

Por el caso también fueron implicados los demás miembros de la Junta Directiva del IGSS de ese entonces, Jorge Mario Nufio, representante de la Junta Monetaria; Rolando Waldemar Castañeda, representante de la Universidad de San Carlos y Juan de Dios González, representante del sector patronal. Además se giró orden de captura en contra de Gustavo Herrera, considerado uno de los autores intelectuales de la estafa y el ex gerente del IGSS César Augusto Sandoval.

 Dueñas rechazó su implicación en el caso y expresó que la constitución del fideicomiso la hizo el ex gerente César Sandoval. Sin embargo, él como miembro de la Junta Directiva, conocía del asunto y lo autorizó según la acusación presentada en contra de los directivos del Seguro Social. El sindicalista fue respaldado por las diferentes agrupaciones sindicales que exigían su pronta liberación. 

A pesar de los recursos presentados por su defensa, Dueñas fue llevado a juicio por el desfalco millonario junto con Waldemar Castañeda, representante de la USAC. Ambos fueron condenados a tres años de prisión conmutables y al pago de Q54 mil 750, ya que habían permanecido año y medio en prisión preventiva. A criterio de la Sala, los ex directivos cometieron abuso de autoridad al haber firmado el fideicomiso de vivienda que dió origen a la estafa en contra del Seguro Social.

Acusado de estafa

El 9 de abril de 2007 fue capturado Nery Barrios, presidente de la Unidad de Acción Sindical y Popular, por los delitos de lavado de dinero y caso especial de estafa, ya que fue implicado en la compra anómala de una finca en litigio en Escuintla, con fondos que la Portuaria Quetzal había entregado (Q5.5 millones) a 172 campesinos como indemnización por desocupar terrenos de la institución. 

Barrios y Nery Cachupe, supuesto propietario del inmueble, fueron investigados por el MP por lavado de dinero y estafa especial por haber suscrito un contrato de promesa de compraventa de otro inmueble en Quetzaltenango. El documento se hizo por Q5 millones, pero la compra quedó registrada en Q1 millón 375 mil. Ambos fueron llevados a juicio.

El 22 de octubre de 2010 el Tribunal Undécimo de Sentencia condenó a Barrios y Cachupe a tres años de prisión conmutables por haberse apoderado de Q5.5 millones que iban a servir para comprar una finca destinada a campesinos. Inicialmente el MP había solicitado una condena de 17 años contra Barrios y de 19 contra Cachupe, por los delitos de lavado de dinero, caso especial de estafa y defraudación tributaria. Sin embargo el Tribunal cambió el delito y los procesó por estafa propia, absolviéndolos de los otros delitos.

La Intendencia de Verificación Especial (IVE) argumentó como prueba en contra de Barrios que éste recibió Q5.5 millones, que la Portuaria Quetzal dio a la Asociación Campesina 11 de diciembre. Después, el sindicado entregó una parte del dinero a Cachupe, y con otra pagó una deuda y abrió una cuenta bancaria. Cachupe le vendió a Barrios una finca en el kilómetro 77.5, Masagua, Escuintla; sin embargo, esta fue invadida por un grupo liderado por Cachupe, quien fue señalado por otras ocupaciones. Barrios pagó una fianza de Q1 millón 500 mil al año siguiente de su captura para recobrar su libertad.