Son casi 20 años en la élite del futbol. Su debut fue en 1996 con el Atlas y en un solo año ya era titular indiscutible. 1999 fue un año repleto de emociones. Siendo un jugador consagrado saboreó la derrota en la final del futbol mexicano ante el Toluca, pero se desquitó con la Copa Confederaciones lograda frente a Brasil (4-3). Fue durante ese torneo celebrado en México cuando el Mónaco llamó a su puerta. El cambio de aires no lo atenazó y en pocos partidos se convirtió en una pieza clave del equipo que a la postre alzó el último título liguero hasta la fecha. Prueba del gran trabajo realizado en su primera campaña fue la distinción de mejor central de la liga francesa. En el 2003 engrosó su palmarés con la Copa de Francia y ya era conocido en toda Europa.
Los 5 millones de euros desembolsados por el Barcelona resultaron una gran inversión. En el club catalán terminó de explotar. Arropado por íconos como Ronaldinho, Xavi, Iniesta, Messi o Eto’o, Márquez llenó sus vitrinas con cuatro Ligas, dos Champions, tres Supercopas de España y una Copa del Rey.
Entretanto el Patrón tomaba responsabilidad con el Tri y en el 2002 debutó en un Mundial —Corea y Japón— como capitán. Un año después guió a México hacia su cuarta Copa Oro.
Con 31 años, Márquez decidió poner punto y final a su periplo por Europa y probó en la MLS con el Red Bull de Nueva York. Fueron dos años de transición en Estados Unidos, donde tuvo tiempo de sumar su segunda Copa Oro con México en el 2011 contra Estados Unidos.
Rafa Márquez nunca se vio amenazado por la sombra de la retirada y no dudó en embarcarse en una aventura en México después de 13 años en el extranjero. Firmó con León y allí conquistó la liga en el 2013, convirtiéndose en el primer mexicano en lograr tres campeonatos en tres países diferentes.
A sus 35 años, después de vestir 116 veces la elástica azteca y alzar 20 títulos en su carrera, Márquez está llamado a ser el sabio que ordene las ideas de unos discípulos talentosos en Brasil.