El club, que tiene su sede en Tegucigalpa, fue fundado el 29 de agosto de 1928 por Marco Antonio Ponce, entre otros ciudadanos de la época en la capital hondureña.
El nombre del equipo fue tomado del río Motagua, que limita entre Honduras y Guatemala, cuya barra la perdieron los hondureños en el siglo pasado en un contencioso limítrofe con el vecino país.
Desde que se fundó la Liga Profesional de Futbol de Honduras, en 1964, el Motagua ha ganado quince campeonatos, superado solamente por el Olimpia, el equipo de mayor afición, también de Tegucigalpa, que suma 30.
Bajo la dirección del argentino-hondureño Diego Vásquez, el Motagua ha ganado sus últimos tres campeonatos, los dos más recientes de manera consecutiva en los pasados torneos Clausura 2017 y Apertura 2016.
Conocido como el “Ciclón Azul” y los “Águilas del Motagua”, el equipo tiene un rico historial deportivo del que han sido parte, entre otras figuras, Héctor Zelaya, Ramón Maradiaga y Gilberto Yearwood, quienes fueron integrantes de la selección de Honduras que participó en el Mundial de España 1982.
Héctor Zelaya fue al anotador del primer gol de Honduras en un mundial, precisamente en el de 1982, ante los anfitriones españoles.
En el presente torneo Apertura el Motagua es tercero en la clasificación con cinco puntos, saldo de dos empates y un triunfo.
El equipo lleva casi una veintena de partidos oficiales de no perder, marca que arrastra desde el pasado torneo Clausura que finalizó en mayo.
