El templo San Juan Perdido, antes conocido como San Juan Alotec, Aloteca, Aloteque o Alotepeque, fue uno de los centros de evangelización de los pueblos coloniales que se desarrollaron en la costa sur y cuya población se considera era de origen  pipil. La zona en la que fue fundado tiene una larga tradición de asentamientos humanos, ya que fue habitado desde el periodo Preclásico.
La única estructura visible que queda del pueblo es el cajón de la iglesia de forma rectangular de una sola nave, con orientación de este a oeste. El atrio y el portón principal están al poniente, frente a la plaza, y el altar y bóveda hacia el oriente, según describe el informe  Arqueología histórica de dos pueblos perdidos en el área de Cotzumalguapa, Escuintla, del arqueólogo René Johnston, editado por J.P. Laporte, H. Escobedo y B. Arroyo. 
“Las medidas interiores de la estructura son 29.50 m de largo y 9.70 m de ancho. Aún se observan restos de un arco toral que estaba a 10.45 m del ábside y que tenía el mismo ancho que su contrafuerte exterior (1.50 m). Los muros laterales miden 1.40 m de ancho, de similar medida a los de la iglesia y convento de Santiago Cotzumalguapa. Los del hemiciclo, por su forma decorativa, se reducen en forma escalonada de 1.40 a 0.60 m”, agrega el trabajo de Johnston de la Universidad del Valle de Guatemala.
La fachada está formada por un muro de 14 m de ancho y 2.90 m de grueso. En el centro se encuentra el portón principal. Los muros laterales son de unos siete m de alto y tienen seis contrafuertes de cada lado y, entre cada uno de ellos y sobre el portón principal, hay una ventana a unos cinco m de altura. En cada lado de la nave hay una puerta lateral de 2.20 m de ancho, una hacia el norte y la otra hacia el sur.
Según la misma investigación, no se pudo comprobar qué tipo de piso tenía la nave, pero las puertas laterales y la principal lo tienen de ladrillo. El techo posiblemente era de artesonado, ya que en algunas de las partes superiores de los muros  aún se pueden apreciar algunos de los puntos en que se apoyaba. “Como el interior de la iglesia es parte del cementerio, no se pudo comprobar si el techo era de teja”, explica.

La desaparición de los pueblos originarios de la costa sur, y en especial de Cotzumalguapa, es difícil explicar, aunque se cree que fue causado por una serie de circunstancias como la baja en los precios del cacao y, principalmente, por las nuevas enfermedades que trajeron los conquistadores europeos.
En la región fue común la filaria —oncocercosis americana—, también conocida como “enfermedad de Robles”, que ataca  las extremidades y dificulta el movimiento, y daña  la visión. “La ceguera y los ‘tullidos’ a los que se refieren los documentos, y que afectó a casi todas las poblaciones, pudo haber sido causada por la oncocercosis, y las calenturas y fríos posiblemente por el paludismo”, afirma Johnston.

La región de Cotzumalguapa fue habitada por distintas culturas, por lo menos desde el periodo Preclásico. 

El Clásico Tardío fue la época en que tuvo su mayor esplendor, en la que se desarrollaron los sitios mayores de Bilbao, El Castillo y El Baúl.

San Juan Alotepeque formó  parte de los siete pueblos fundados en la región a mediados del siglo XVI por la orden franciscana.

 Además, Santa Lucía Cotzumalguapa, San Francisco Ichangüegüe, San Cristóbal Cotzumalguapa, San Andrés Tepechapa, Santo Domingo Sinamecayo o Tzotzican, y Santiago Cotzumalguapa, que era la cabeza de curato.